2000
L’UCL s’engage dans la préparation des réformes de l’enseignement supérieur conformes à la Déclaration de Bologne signée par la Communauté française de Belgique le 19 juin 1999.
La Faculté des sciences appliquées (aujourd’hui Ecole polytechnique de Louvain) lance son programme de formation par projets :
« candis 2000 ».
2001
L’UCL et la KU Leuven célèbrent ensemble le 575e anniversaire de la fondation de l’Université de Louvain. Le 2 mai, l’Aula Magna ouvre ses portes et accueille la fête de l’UCL.
2004
29 juin : Les Facultés Universitaires Catholiques de Mons (FUCAM), les Facultés universitaires Notre-Dame de la Paix à Namur (FUNDP), les Facultés universitaires Saint-Louis à Bruxelles (FUSL) et l’Université catholique de Louvain (UCL), créent, le 29 juin, l’Académie universitaire Louvain.
Septembre : L’enseignement en Communauté française passe au système de Bologne.
2005
Cinq laboratoires de la Faculté de médecine ainsi que des banques d’os, de tissus et de sang s’installent dans une tour des laboratoires baptisée du nom de Rosalind Elsie Franklin. Unique dans le monde belge hospitalier, elle regroupe tous les laboratoires cliniques, auparavant dispersés sur le site de l’UCL à Bruxelles, par technologie et non plus par discipline.
L’UCL s’implique dans une quarantaine de projets du Pan Marshall de relance de l’économie wallonne. Deux des cinq pôles de compétitivité WagrALIM (agro-industrie) et BioWin (santé) sont codirigés par des professeurs de l’UCL.
2006
8 mars : Le Pôle Louvain regroupe officiellement des acteurs de l'enseignement supérieur universitaire et non universitaire. Les sites de Louvain-la-Neuve et de Woluwe en accueillent plusieurs.
2007
Le 12 mars, les recteurs les quatre universités de l’Académie Louvain décident de créer, par fusion, une nouvelle université.
2009
Mars : Pour la première fois, l’UCL se donne un recteur par une élection au suffrage universel pondéré.
28 et 29 avril : La KU-Leuven et l’UCL accueillent la Conférence des ministres de l’éducation européens qui organise le suivi de la Déclaration de Bologne.
2010
Janvier : L’UCL se dote d’un nouveau règlement organique. Elle s’organise désormais en trois secteurs, 13 facultés et 21 instituts.
Juillet : Une nouvelle faculté (LOCI) rassemble les Instituts supérieurs d’Architecture Saint-Luc de Bruxelles et de Tournai et les Unités d’architecture et d’urbanisme, attachées jusqu’alors à l’Ecole polytechnique de Louvain.
2011
6 avril : Après l'échec de la fusion des partenaires de l'Académie Louvain en décembre 2010, l'UCL et les FUCaM prennent la décision de fusionner à partir du 15 sepptembre 2011.
